Charlie and the Chocolate Factory jest adaptacją filmu dla dzieci autorstwa Tima Burtona, opowiadającego chłopcu imieniem Charlie Bucket, który uwielbia czekoladę, jednak przeważnie go na nią nie stać. Jednak pewnego dnia wygrywa konkurs i znajduje bilet do największej w kraju fabryki czekolady, której właścicielem jest niejaki Willy Wonka (w filmie gra go Johnny Depp). Udaje się tam wraz z czwórką innych dzieci, które wprowadzają chaos w placówce, doprowadzając do dewastacji maszyn służących do produkcji słodyczy. Jak nietrudno się domyślić, musimy je naprawić i przywrócić fabrykę do normalnego stanu.W tym celu rozwiązujemy szereg zagadek, które urozmaicają zręcznościowy charakter zabawy. Ta trzyma się raczej ściśle filmowego scenariusza, jednak przeżywamy również nowe przygody. W naszej misji pomagają nam Oompa-Loompas, którym możemy wydawać proste rozkazy ("zatrzymaj się", "idź" etc.). Ci niewielcy wzrostem jegomoście potrafią wyręczyć nas w niektórych (raczej prostych) czynnościach. W trakcie rozgrywki zdobywamy cukierki przynoszące nam dodatkowe zdolności.