Jako przedstawiciel wybranej płci (możemy wybierać postać, ale są tylko dwie) stajesz na czele grupy militarnej od zadań specjalnych. Jej członkami są fachowo wyszkoleni ludzie, którzy musza dawać sobie rade w najtrudniejszych sytuacjach. Gdy przybywasz na miejsce wezwania z przekonaniem, ze znowu będziesz musiał rozprawić się grupą terrorystów, okazuje się, że zostałeś wplątany w wydarzenie Twojego życia, albo i całej planety. Inwazja przybyszów z kosmosu stała się rzeczywistością. Hidden Invasion będący połączeniem bijatyki i strzelaniny jest oparty na szeregu misji, będących poszczególnymi levelami gry. Czasem gra da odpocząć Waszym palcom i zamiast zadawać ciosy i strzelać, będziesz musiał skojarzyć jakieś fakty. Mowa tu o namiastkach zagadek logicznych i tylko namiastkach, gdyż głównym elementem gry jest oczywiście akcja. Ta jest całkiem konkretna, gdyż obok dużej ilości śmiercionośnych broni cecha szczególna Hidden Invasion jest spora interakcja z otoczeniem, przy pomocy, którego możemy np. okładać przeciwnika. Scenariusz pchany jest do przodu przez krótkie filmy ukazujące się pomiędzy poziomami. W grze akcje zaczniecie od ulic, a skończycie na szczeblach rządowych jak to można by było przypuszczać przy okazji tematu inwazji kosmitów. Historyjka jest standardowa do bólu, ale przecież nie o fabułę tu głównie chodzi.