Podły Mistrz O-Dor i jego armia robotów (Ranxów) napadła na klan Ninja, dokonując prawdziwej czystki wśród jego członków. Z licznej do niedawna społeczności pozostał tylko stary Sensei i jego młody, nieopierzony uczeń. Małoletni ninja postanawia pomścić upadek klanu i rozprawić się z O-dorem. Wyrusza w nierówny bój, wspierany duchowymi radami swego mistrza. I-Ninja jest typowa platformową zrecznosciówką, w której gracz, sterując postacią małego ninja, przemierza pięć ogromnych światów, potykając się z dziesiątkami przeciwników. Lokacje są zróżnicowane, począwszy od nadmorskiej plaży i zatoki, poprzez dzika dżungle i góry, aż po księżycową bazę. Na każdym poziomie bohatera atakują hordy nieprzyjaciół: mechaniczni strażnicy, stalowe psy, wilki, łatające mucho-podobne roboty itd. Łącznie wrogie szeregi zawierają 11 rodzajów żołnierzy i czterech bossów. Ci ostatni to prawdziwy orzech do zgryzienia, bowiem są wyjątkowo silni i odporni na ciosy. Sam ich widok może wzbudzić strach, jak np. ogromny, liczący 150 stóp robot Kyza lub Ventis - monumentalna, elektryczna ryba. W walce z armia Ranxów gracz wcale nie jest bez szans, bowiem używa wielu śmiercionośnych gadżetów: shurikeny, miecze, pistolety, wyrzutnie rakietowe i inne. Pokaźny arsenał doskonale komponuje się z niezwykłą mobilnością bohatera. Mały ninja jest niezwykle sprawny fizycznie: chodzi i skacze po stromych ścianach, ślizga się po rampach i platformach, buja na łańcuchach, lata używając miecza jako śmigła itd. Całość przygotowania bojowego chłopca uzupełniają cztery specjalne zdolności, zwiększające wielokrotnie jego możliwości walki (ninja szybciej biega, walczy, a nawet zamienia się w wielkiego śmiercionośnego shurikena). Sens zabawy w I-Ninja nie polega jednak wyłącznie na bezmyślnej łomotaninie, na każdym poziomie do spełnienia są określone cele. Najczęściej należy uwolnić jednego ze strażników światów, który następnie pomaga bohaterowi w dalszej grze. Wytrwali odkryją też różnorakie bonusy, poukrywane to tu, to tam. Szczególnie na uwagę zasługują mini-gierki, pozwalające na chwile oderwać się od wrzawy bitewnej i np. zabawić się w Pacmana (ninja zwija się w kulkę i tocząc pożera kropki), poślizgać na rampach a la Tony Hawk itd. Trójwymiarowa grafika jest bardzo kolorowa i prezentuje widok na pole gry z perspektywy trzeciej osoby, przy czym ustawienie kamer można modyfikować. Muzyka prezentuje styl będący mieszanką techno, funka i hip-hopu.