Trójwymiarowa gra akcji z elementami cRPG i tradycyjnych przygodówek, osadzona w realiach łączących wybrane elementy dwóch światów: współczesnego i futurystycznego. Gra przedstawia historię grupki młodych przyjaciół, którzy pewnego dnia wyruszyli na wycieczkę do Nevady. Mieli przy tym ogromnego pecha albowiem miejsce, do którego trafili okazało się być poligonem doświadczalnym. Rząd amerykański rozpoczął właśnie testy swej najnowszej broni o nazwie Project G.I.Ants, dzięki której w krótkim czasie planuje zmutować różne gatunki insektów i pasożytów, tak aby później móc wykorzystać je na polu walki. Eksperyment okazuje się totalną katastrofą, co więcej, bardzo szybko wymyka się spod kontroli. Właściwa gra rozpoczyna się w nowojorskim więzieniu, w którym budzi się jedna z ocalałych nastolatek. Pamiętając tragiczne wydarzenia z Nevady, wyrusza na poszukania swych przyjaciół. Niestety sprawę bardzo komplikują dwie rzeczy: siły rządowe, które otrzymały rozkaz pozbycia się wszystkich świadków nieudanego eksperymentu, oraz postępujący i wielce niepokojący proces mutacji jej ciała wywołany kontaktem z wirusem Triton-76 użytym podczas testów na pustyni Nevada.Wzorem klasycznych gier cRPG w Origin of the Species udostępniono możliwość rozwijania cech sterowanej postaci, w tym przypadku wspomnianej nastolatki. Sam proces jest przy tym dość mocno uproszczony i w głównej mierze opiera się na zdobywaniu przez bohaterkę nowych umiejętności (mocy). Istotnym elementem gry są walki wręcz, w trakcie których można wykorzystać jeden z dziesięciu dostępnych ruchów (podzielono je defensywne i ofensywne). Nie oznacza to, iż gracz jest ograniczony do osobistego wykańczania przeciwników, równie dobrze może posłużyć się jedną z dwudziestu dostępnych giwer, wśród których nie zabrakło Rail Guna, pistoletu, wyrzutni rakiet, ale i bardziej futurystycznych konstrukcji. Walki przebiegają w sposób dynamiczny, dodatkowo sterowana przez gracza postać może wykonywać uniki i skoki, tak aby sprawniej zabijać atakowanych wrogów. Nie mogło również zabraknąć zadań, które w ogromnej większości przypadków są zlecane przez napotykanych NPC-ów. Od stopnia trudności wykonywanego zadania uzależniona jest wartość nagrody, trudniejsze misje są premiowane cenniejszymi przedmiotami czy też, w niektórych przypadkach, nowymi umiejętnościami. Na drodze gracza stają przerażające mutanty (w tym aż siedmiu bossów) oraz agenci rządowi i komandosi, którzy próbują zatuszować nieudany eksperyment. Główna bohaterka ma do pokonania czternaście zróżnicowanych etapów.Gra wykorzystuje zaawansowany silnik graficzny, który cechuje się wykorzystaniem najnowszych technologii a także obsługą skomplikowanej fizyki świata gry, która obejmuje między innymi efekt rag doll, realistyczne ruchy ciała czy poruszanie się pojazdów.