Billy Blaze jest ośmioletnim geniuszem, który w domowym zaciszu, pod okiem niczego nie podejrzewającej rodziny, zbudował własny statek kosmiczny. Gdy chłopiec wykorzystuje pojazd, aby dostać się na Marsa, przypadkiem odkrywa, że na Czerwonej Planecie stacjonują przedstawiciele obcej rasy Vorticon, szykujący się do inwazji na Ziemię. Kosmici postanawiają uwięzić niewygodnego gościa i kradną cztery kluczowe części z jego rakiety. Ich odzyskanie spada na barki gracza, więc tylko od niego zależeć będzie, czy Billy wróci do domu i ostrzeże ludzkość przed atakiem wrogo nastawionych istot.Marooned on Mars to pierwsza odsłona cyklu Commander Keen, która została opracowana przez firmę id Software w 1990 roku. Akcja gry podzielona jest na dwie części. W pierwszej obserwujemy Billyego z lotu ptaka i decydujemy, do którego z marsjańskich miast ma się on udać. Po wybraniu lokacji, przechodzimy do drugiej części, która jest już klasyczną platformówką. Bohater może poruszać się po widocznych na planszy podestach i zabijać licznych wrogów za pomocą pistoletu. Celem rozgrywki jest odzyskanie wspomnianych wcześniej części, które mogą, ale nie muszą znajdować się w odwiedzanym mieście, a także odnalezienie wyjścia. Jeśli Commander Keen zginie, akcja przenosi się z powrotem na powierzchnię Marsa. Zabawę można kontynuować do utraty wszystkich żyć.Commander Keen: Marooned on Mars oferuje prostą grafikę w niskiej rozdzielczości (dostępny jest wyłącznie tryb EGA) i symboliczne efekty dźwiękowe prosto z PC Speakera. Gra jako jedyna z całej serii była dystrybuowana przez wydawcę (firmę Apogee Software) za darmo w systemie shareware,