ZooCube jest grą dla wielbicieli zabawy w stylu nieśmiertelnego Tetrisa. Autorzy nie zdecydowali się jednak na modyfikację starego schematu, aby stworzyć kolejny klon legendarnej gry, lecz stworzyli zupełnie oryginalny produkt. Szalony profesor Buc Ooze narobił bałaganu, krzyżując wszystkie gatunki zwierząt, przez co powstała masa dziwnych istot. Zadaniem gracza jest ratowanie gatunków przy pomocy tytułowej ZooCube kostki, która pozwala z powrotem odmieniać zwierzęta. Obracając we wszystkich kierunkach kostką, należy tak dopasowywać zbliżające się do niej elementy (w grze jest ich aż 36), aby takie same zwierzaki mogły stworzyć pary. Podobnie jak w klasycznym Tetrisie, z biegiem czasu rośnie prędkość rozgrywki. Elementy zbliżają się do kostki coraz szybciej, a co jakiś czas pojawiają się takie, które mają za zadanie przeszkadzanie w układaniu pozostałych. Na szczęście gracz ma do dyspozycji specjalne bomby, dzięki którym może wyjść z kilku trudnych sytuacji wysadzając niefortunnie ułożone elementy.ZooCube oferuje kilka trybów gry: Classic Mode (zwykłe układanie elementów), Knockout Mode (pozbywanie się elementów określonego typu), Blind Mode (elementy pozbawione są kolorów i należy je układać, rozpoznając wyłącznie kształty). W trybie gry wieloosobowej możemy bawić się wraz z przyjaciółmi w Collaborative Mode lub konkurować z nimi w Competitive Mode. Maksymalnie może grać do czterech osób. Wersja na GBA została znacznie okrojona w stosunku do GameCube. Zamiast elementów, reprezentujących zwierzątka, mamy tu po prostu klocki o różnych kształtach geometrycznych. Posiadaczy GBA pozbawiono także krótkich filmików czy żywo animowanych scenerii, a ilość graczy w trybie multiplayer ograniczono do dwóch. Sam sposób i zasady gry są jednak identyczne.