Return to Mysterious Island bezpośrednio nawiązuje do powieści Tajemnicza wyspa Juliusza Vernea (wydano ją w 1874 roku). Gra reprezentuje gatunek klasycznych przygodówek. Gracz porusza się po statycznych, prerenderowanych planszach. Wszystkie polecenia wydaje przy użyciu myszy. Widoczny na ekranie kursor zmienia swój kształt w zależności od rodzaju czynności, którą można aktualnie wykonać.Akcja Return to Mysterious Island toczy się po wydarzeniach znanych z Tajemniczej wyspy Juliusza Vernea. Opisywana gra prezentuje historię Miny, młodej kobiety, która postanowiła wyruszyć statkiem w rejs dookoła świata. Podczas podróży dostała się w sam środek okropnego sztormu, a jej strzaskana łódź została wyrzucona na brzeg dzikiej i niezamieszkanej wyspy. Nie mogąc kontynuować swej podróży, postanawia się więc bliżej przyjrzeć miejscu, do którego trafiła. Okazuje się, iż wyspa jest przepełniona tajemniczymi konstrukcjami. Mina odkrywa też ślady bytności poprzednich jej mieszkańców. Bohaterka zdając sobie sprawę z tego, iż jest rozbitkiem nie mogącym liczyć na jakiś szybki ratunek, stara się znaleźć schronienie i zbudować prowizoryczny dom. Początkowo wszystko przebiega zgodnie z planem, jednak później spotyka tajemniczą postać, która oferuje jej swą pomoc. Bardzo szybko okazuje się, że to duch Kapitana Nemo. Jego ciało leży w łodzi podwodnej, którą wcześniej dowodził. Problem w tym, że nie można do niej dotrzeć. Nina, poprzez rozwiązywanie licznych zagadek, musi poradzić sobie tym problemem, gdyż Kapitan Nemo zazna spokoju tylko wtedy, gdy jego ciało zostanie złożone w grobie.Gracz spędza znaczną część gry na wykonywaniu dwóch czynności: podróżowaniu po wyspie i rozwiązywaniu coraz trudniejszych zagadek. Aby pomóc sobie w ich rozwiązywaniu może korzystać z cennych technologii Nautilusa (łodzi podwodnej Kapitana Nemo), bardzo często jednak wszystko sprowadza się do logicznego myślenia.Oprawa wizualna Return to Mysterious Island przypomina klasyczne gry przygodowe pokroju Mysta czy Schizm. Autorzy, zespół Kheops Studio (Crystal Key 2: The Far Realm, The Egyptian Prophecy: The Fate of Ramses) zadbali o to, aby plansze były dopracowane w najdrobniejszych szczegółach.