SNK Playmore zrezygnowało z utartej formuły łączącej klasyczną dwuwymiarową platformówkę ze strzelaniną i stworzyło grę akcji z widokiem zza pleców postaci. W Metal Slug 3D możemy pokierować losami czterech żołnierzy, znanych już z poprzednich odsłon serii. Powracają Marco, Fiona, Tarma i Eri, choć nie wszystkie postacie dostępne są od początku gry. Akcja tej części toczy się w roku 2030 i pozwala kolejny raz zmierzyć się z siłami zła.By odróżnić grę od dwuwymiarowych wersji Metal Sluga autorzy zdecydowali się pogłębić rozgrywkę. Mimo że podstawą wciąż jest eliminowanie hord wrogów, to system uzupełniono o liczne możliwości rozwoju postaci i pojazdów. Każdy z bohaterów jest opisany cechami, które może rozwijać, a także posiada bojową maszynę. Może ją zmieniać i ulepszać w specjalnym garażu. Przygotowano po jedenaście misji dla każdej z postaci, z tymże część jest niemalże identyczna, niezależnie od wybranego bohatera. Do wyboru przygotowano też 17 różnych typów broni oraz kilkanaście projektów wrogów do pokonania. Żywotność tytułu zwiększają dodatkowo poukrywane elementy do kolekcjonowania oraz jedna mini-gra stawiająca nas w roli więźnia przygotowującego się do ucieczki.Metal Slug 3D prezentuje zupełnie inny styl graficzny niż poprzednie części. Nie ma już mowy o rysunkowej grafice, którą zastąpiono standardowym dla gier TPP trójwymiarem.  Tekstury otoczenia i postacie w grze nie zaskakują ilością detali i realistyczną animacją. Brak wyspecjalizowanych efektów oraz jedna, z góry narzucona ścieżka poruszania się także charakteryzują produkcję SNK Playmore.