Po ogromnym sukcesie, jakim był Indiana Jones and the Last Crusade programiści z LucasArts postanowili wydać kolejną grę z przygodami znanego archeologa. W międzyczasie okazało się, że Harrison Ford zrezygnował z udziału w kolejnych częściach filmu. Dało to autorom projektu możliwość zupełnie swobodnego napisania scenariusza. Tak, jak wcześniej tak i w Indiana Jones and The Fate of Atlantis głównymi przeciwnikami naszego bohatera będą panowie ze swastyką na czole. Indy, wraz z przyjaciółką Sophią Hapgood, będzie się starał przeszkodzić Nazistom w zdobyciu kolejnej Wunderwaffe, która jest ukryta gdzieś na terenie legendarnej Atlantydy.Poza bardzo dobrą grafiką gra oferuje zupełna nowość, jaką jest możliwość jej ukończenia na trzy sposoby w trakcie których gracz rozwiązywał inne problemy. Młodszym graczom może wydać się nieco dziwny system ikon pod ekranem głównym, jednak w 1992 roku było to uznane za ogromne ułatwienie interfejsu.