Po dwóch częściach zręcznościowego symulatora kosmicznego osadzonego w świecie Wing Commander, przyszedł czas na grę po części strategiczną. W Wing Commander: Armada nie będziemy ratować wszechświata jako samotnie walczący pilot, lecz zostajemy głównodowodzącym jednej ze stron tego kosmicznego konfliktu. Gracz może kierować poczynaniami wojsk Konfederacji doprowadzając do zniszczenia Imperium Kilrahi, lub stanąć na czele bezpardonowej kociej rasy, zaciekle zmierzającej ku Ziemi. W czasie rozgrywki należy podejmować szereg decyzji strategicznych, dotyczących wyboru kolejnego sektora do ataku, taktyki walki czy określenia kierunku rozwoju gospodarczego i produkcji na planetach. Twórcy nie odeszli jednak całkowicie od symulatora lotu, pozwalając na czas bitwy ponownie zasiąść za sterami i wspomóc swoje siły w walce z wrogiem. W Armadzie pilotować można dziesięć różnych statków, w tym dwa eksperymentalne myśliwce niespotykane w dwóch pierwszych częściach sagi. Dzięki temu prowadząc Konfederację będziemy mogli skorzystać z supernowoczesnej maszyny Wraith, natomiast grając Kilrathi możemy pilotować myśliwiec Jrathek. Do wyboru są dwa różne tryby rozgrywki: typowo strategiczna kampania, w której zarządzamy każdym aspektem działań ekonomiczno-militarnych, oraz znacznie prostszy quick combat na generowanej losowo mapie wszechświata. Tryb wieloosobowy umożliwia rozgrywkę dla dwóch osób na jednym komputerze z podzielonym ekranem lub na dwóch w sieci lokalnej albo przez modem.