Akcja gry Duke Nukem Episode 1: Shrapnel City przenosi nas do futurystycznej metropolii, która została całkowicie opanowana przez tajemniczego doktora Protona. Wykorzystując zaprojektowane przez siebie roboty, szalony naukowiec wprowadził terror na ulicach, podporządkowując sobie mieszkańców miasta. Kiedy wydawało się, że wszystko jest już stracone, amerykańska organizacja CIA wynajęła człowieka zdolnego podołać karkołomnemu zadaniu...W Duke Nukem Episode 1: Shrapnel City, gracz wciela się w rolę tytułowego bohatera. Charyzmatyczny Książę, który znany jest zarówno z wielkiej odwagi, jak i z ciętego języka, zostaje zrzucony na dach olbrzymiego drapacza chmur. Gdzieś w piwnicach atakowanego wieżowca ukryta jest kwatera szalonego naukowca. Celem Dukea, a co za tym idzie także i gracza, jest przedarcie się przez silnie chroniony obiekt i unicestwienie doktora Protona.Najprościej rzecz ujmując, pierwszy epizod cyklu Duke Nukem jest grą zręcznościową, w której skakanie po platformach jest równie istotne, co eksterminacja ogromnej liczby przeciwników. Ci ostatni, reprezentowani przez różnej wielkości roboty, nie zamierzają oczywiście pozostać nam dłużni, dlatego podczas zabawy nieustannie należy unikać ognia nieprzyjaciela, jednocześnie pozbywając się zagrożenia. Duke Nukem wyposażony jest początkowo w jeden pistolet, ale w trakcie wędrówki może znaleźć kolejne narzędzia zagłady, zwiększające szybkostrzelność, a co za tym idzie siłę rażenia podstawowej broni.Oprócz pukawek, Duke Nukem napotka w korytarzach wieżowca sporo innych przedmiotów. Najważniejsze są klucze, otwierające zablokowane przez doktora przejścia do kolejnych części kompleksów. Nasz bohater musi również odnajdywać jedzenie, za pomocą którego uzupełni energię życiową, nadwątloną przez często kontakty z nieprzyjacielem. W budynku dostępna jest też cała masa innych rzeczy (dyskietki, odbiorniki radiowe, itd.), ale nie przynoszą one żadnych profitów poza zwiększeniem dorobku punktowego.Akcja Duke Nukem Episode 1: Shrapnel City podzielona jest na kilka etapów, pomiędzy którymi użytkownik może zapisać aktualny stan gry (nie jest więc zmuszony do rozpoczynania zmagań za każdym razem od początku). W trakcie rozgrywki odnajdziemy również masę sekretnych bonusów, które uaktywniamy wykonując określone zadania, np. niszcząc zlokalizowane w budynku kamery.