Starfleet Command III to kolejna cześć znanej taktycznej symulacji opartej na motywach popularnej gwiezdnej sagi Star Trek (w tym przypadku na odcinkach z serii Star Trek: The Next Generation). Podobnie jak we wcześniejszych częściach gracz staje się dowódcą statku Federacji, musi dowodzić jego załogą i decydować o strategii ataku na wroga. To, co odróżnia Star Trek: Starfleet Command III od starszych produkcji, to przede wszystkim nowy interfejs znacznie ułatwiający zarządzanie całym statkiem. Większość pomniejszych zadań przejmuje od gracza komputer, dzięki czemu można bardziej skoncentrować się na samej walce. Po raz pierwszy gracze mają też możliwość modyfikowania broni, silników, tarcz oraz innych żywotnych systemów statku. Dodatkowo w Starfleet Command III wprowadzono elementy typowe dla gatunku RPG, dzięki czemu nasi oficerowie nabierają doświadczenia i uczą się nowych umiejętności zwiększających ich możliwości w czasie walki.Rozgrywkę zaczynamy od dowodzenia najprostszą jednostką, a następnie stopniowo awansując, dostajemy możliwość korzystania z 25 legendarnych statków. W miarę postępów w grze otrzymujemy także dostęp do lepszych fazerów i disruptorów, wydajniejszych osłon oraz broni specjalnej. Dla trybu silngle player przygotowano trzy oddzielne kampanie, w których możemy grać jako Federacja, Klingoni i Romulanie. Rozgrywka wieloosobowa pozwala na grę w trybie skirmish gdzie gracz, oprócz trzech wcześniej wymienionych ras, może również wybrać Borga.